En 1984, cette vision a commencé à se concrétiser lorsqu’un groupe de professeurs a défini les objectifs du projet. Une réunion majeure a eu lieu le 16 janvier 1985 pour discuter de sa mise en œuvre, mais l’État a suspendu l’initiative en 1986 en monopolisant l’organisation de l’enseignement supérieur. Relancé avec vigueur en 1989, le projet a été officiellement annoncé le 30 septembre de la même année, et l’assemblée constituante du 22 juillet 1990 a permis d’établir les premiers organes et responsables de l’université. L’Université Kongo a finalement célébré l’ouverture de sa première année académique le 27 décembre 1990 à Mbanza-Ngungu.
L'Université Kongo (UK) a pour mission principale de former des cadres universitaires de haut niveau, de contribuer à la production de connaissances par la recherche, et de servir de moteur de développement économique, social et culturel pour le Bas Congo et la République Démocratique du Congo. Elle s'efforce également de préserver et promouvoir le patrimoine culturel Kongo. Sa devise est : Excellence, Solidarité, Développement.
Ancrée dans la rigueur morale et le sérieux légendaire du peuple Kongo, la formation à l'UK vise à inculquer aux étudiants un savoir-faire et un savoir-être fondés sur des valeurs essentielles telles que l'amour du travail bien fait, l'honnêteté, le respect des biens publics, la connaissance et le respect des valeurs culturelles, les responsabilités familiales et sociétales, la probité, l'humilité, la tolérance, le respect de l'autre, la courtoisie, l'hospitalité, la prudence, la convivialité et la paix.
À ses débuts, l’Université Kongo (UK) fonctionnait avec quatre campus répartis dans la province : Kisantu, Mbanza-Ngungu, Matadi et Boma. Cependant, cette configuration a engendré de nombreux problèmes de fonctionnement pour la jeune institution.
Actuellement, l’Université Kongo dispose d’un site de 32 hectares à Mbanza-Luvaka, où est érigé le premier bâtiment facultaire. Elle se déploie sur deux principaux sites
Siège de l'institution, il abrite les facultés de Droit, des Sciences économiques et de gestion, le Génie informatique, de l'Environnement, la Polytechnique, des Sciences agronomiques, ainsi que la faculté d'Architecture, d'Urbanisme et d'Aménagement du Territoire.
Ce site accueille les facultés de Médecine et de Lettres & Sciences Humaines.